翻译组测序建库试剂盒（Ribo-seq）
项目简介
EpiTM Ribosome Profiling Library Kit是一款基于核糖体印迹测序（Ribo-seq）的高分辨率翻译组测序建库试剂盒，通过精准捕获翻译延伸中的核糖体-mRNA复合物，获取核糖体保护片段（RPFs），解析翻译动态、开放阅读框（ORF）及新生肽链信息等。
表观生物通过技术优化，实现高效特异性的去除rRNA，提高对目的RNA的检测灵敏度，测序数据中rRNA占比降至平均14%，最低达到5%。本试剂盒适用于适合用于翻译调控、发现新ORF或探索药物对翻译的影响等研究。
试剂盒信息
实验流程
技术应用
1、了解转录本上的核糖体分布、翻译活性
2、推测翻译起始位点、ORF位置
3、确定蛋白翻译效率
4、探究翻译调控和基因表达情况
5、鉴定新蛋白/新短肽
（doi:10.3390/cells11192966）
研究方向
（1）癌症研究：
翻译调控机制：如研究异常激活的mRNA翻译调控网络；特定致癌基因的翻译效率与肿瘤进展的关联性
肿瘤特异性抗原识别：通过分析癌细胞中活跃翻译的mRNA，识别异常蛋白作为免疫治疗的靶点。例如，针对产生大量突变蛋白的肿瘤，Ribo-seq可定位特异性抗原以设计CAR-T等疗法
治疗抗性研究：如鉴定化疗药物诱导的核糖体暂停位点
（2）疾病机制研究：
翻译效率异常分析：结合RNA-seq数据，揭示疾病中转录与翻译的调控差异。例如，在神经退行性疾病中识别翻译暂停现象
非经典翻译区域发现：检测基因组中未注释的翻译区域（如上游开放阅读框），揭示其在疾病发生中的作用
（3）药物开发与评估：
挖掘靶点：通过核糖体足迹分析，识别治疗干预的新靶点（如翻译调控因子）
脱靶效应检测：在基因治疗和RNA药物开发中，精确检测非目标翻译事件，提高治疗安全性
药物作用机制研究：实时监测药物处理后细胞翻译图谱的变化，评估疗效
实测数据
客户文章
1. Cancer Commun：NAT10介导的ac4C修饰通过eEF2促进HMGB2翻译驱动肝癌进展（DOI: 10.1002/cac2.12595）
NAT10敲除后转录和翻译谱的变化（H）；ac4C修饰mRNA的翻译效率降低（I）
这篇文章为了探究ac4C修饰及其相关乙酰转移酶NAT10在肝细胞癌（HCC）中的功能机制，并寻找潜在治疗靶点。研究使用Ribo-seq分析了NAT10敲除对mRNA翻译效率的影响，发现NAT10缺失导致ac4C修饰的mRNA翻译效率显著降低，尤其是HMGB2 mRNA的核糖体结合减少，但mRNA水平不变。结果揭示了NAT10通过ac4C修饰增强HMGB2翻译的机制，并鉴定eEF2作为ac4C的"阅读器"直接结合修饰位点促进翻译延伸。此外，研究还发现组蛋白去乙酰化酶抑制剂Panobinostat能有效抑制这一通路。
HMGB2 mRNA的核糖体结合减少
2. Cancer Cell：靶向m6A阅读蛋白IGF2BP2通过调控谷氨酰胺代谢抑制急性髓系白血病（DOI: 10.1016/j.ccell.2022.10.004）
IGF2BP2 KD导致全局翻译效率累积频率分布左移，表明翻译活性降低
这篇文章旨在探究m6A阅读蛋白IGF2BP2在急性髓系白血病（AML）中的致癌作用及其调控机制，重点关注其对谷氨酰胺代谢的调控，并开发靶向IGF2BP2的小分子抑制剂作为潜在治疗策略。
Ribo-seq分析内容：
●分析了IGF2BP2敲除对AML细胞中全局翻译效率（TE）的影响
●检测了IGF2BP2靶基因（如MYC、GPT2、SLC1A5）的RPFs和mRNA表达水平，验证IGF2BP2是否通过促进翻译调控这些基因
结果：
●Ribo-seq分析结果显示IGF2BP2 KD导致全局翻译效率下降，靶基因（如MYC、GPT2、SLC1A5）的核糖体结合显著减少。
●结合RNA-seq和Ribo-seq数据，揭示了IGF2BP2通过m6A依赖性机制稳定靶基因mRNA并增强其翻译，从而促进谷氨酰胺代谢通路。
3. Adv Sci：靶向m6A阅读蛋白IGF2BP2通过调控谷氨酰胺代谢抑制急性髓系白血病（DOI: 10.1002/advs.202406332）
Ribo-seq分析结果
这篇文章探究了m⁶A甲基转移酶METTL16在雄性减数分裂中的作用，重点关注其对性染色体失活（MSCI）、双链断裂（DSB）形成、同源重组及关键减数分裂基因表达的调控机制。
Ribo-seq分析内容：
通过Ribo-seq研究METTL16缺失对减数分裂相关基因翻译效率（TE）的影响
结果：
METTL16缺失导致RPFs显著减少，尤其是MEI4、SPATA22、HORMAD1等减数分裂关键基因的翻译效率下降，而mRNA水平未受影响。
揭示机制：
METTL16通过与翻译因子（如eIF3B、eIF4A3）及核糖体蛋白互作，调控减数分裂基因的翻译效率，确保减数分裂进程正常进行。
4. Environ Int：褪黑素通过抑制线粒体ROS-GCN2/elF2α通路缓解砷诱导的血睾屏障损伤（DOI: 10.1016/j.envint.2025.109346）
这篇文章探究砷（As）暴露对血睾屏障（BTB）的破坏机制，并评估褪黑素（melatonin）的保护作用，重点关注线粒体活性氧（mtROS）和整合应激反应（ISR）在其中的作用。
NaAsO2暴露抑制了屏障连接蛋白的翻译
Ribo-seq分析内容：
使用Ribo-seq分析了砷暴露对Sertoli细胞中BTB关键连接蛋白（如N-cadherin、ZO-1）翻译效率的影响。
结果：
●砷暴露显著降低N-cadherin和ZO-1的翻译效率，但不影响其mRNA水平。
●砷通过激活GCN2/elF2α通路（ISR）抑制蛋白质翻译，导致BTB破坏。
●褪黑素通过恢复SIRT3蛋白水平、减少mtROS生成，逆转砷诱导的ISR和BTB损伤。
揭示机制：
砷通过线粒体功能障碍（SIRT3降解→mtROS↑）触发ISR，抑制BTB蛋白翻译，而褪黑素通过抗氧化途径保护线粒体功能，维持BTB完整性。