一步法染色质开放性建库试剂盒:Epi™ One-Step ATAC-seq Kit

项目简介
染色质开放性是指染色质中DNA与组蛋白结合松散、允许调控因子(如转录因子)结合的区域特性,可通过ATAC-seq检测这些开放区域以研究基因调控机制。传统ATAC-seq需提取细胞核,再用Tn5转座酶处理。由于提取细胞核的步骤较为繁琐、去除细胞膜的效率不稳定等因素,对实验时间和成功率可能造成影响。
Epi™ One-Step ATAC-seq kit通过表观生物自主研发的一步法ATAC缓冲液,对PBS洗涤后的细胞进行简单处理后,即可直接用于Tn5酶切的反应,显著简化建库流程。同时,经过一步法ATAC缓冲液处理的细胞,还可以在4℃稳定保存72小时,利于临床样本的处理。

试剂盒信息

实验流程
产品特点
1.低细胞起始量,每个样本50,000个细胞即可
2.自研一步法试剂,流程简化,实验重复性好,成功率提高
3.可同时揭示开放染色质的基因组位置、DNA结合蛋白和转录结合位点的相互作用
产品应用
1.基因调控、表观遗传异常等研究,识别启动子、超级增强子等调控元件
2.识别驱动细胞命运、疾病或应答相关的转录因子
3.多组学整合,联合CUT&Tag、Hi-C等技术,绘制多维度调控网络

图1. 片段长度分布图
实测数据

图2. IGV峰图

图3. TSS信号富集热图

客户文章
1. Nat Cell Biol:曲晓刚团队开发特异性靶向DNA G-四链体新技术(DOI: 10.1038/s41556-024-01448-1)

图4. 检测dCas9–nucleolin/sgR-5转染对染色质可及性的影响
这项研究联合CRISPR技术和G4结合蛋白/配体开发出了一种可以选择性靶向特定基因组G4结构的新策略。文章使用ATAC-seq分析了dCas9–nucleolin系统靶向G4后对染色质结构的影响,发现G4稳定化导致目标基因启动子区域的染色质开放程度显著降低,抑制了转录因子的结合。同时,RNA-seq数据显示,这些基因的表达水平随之下调,而全转录组范围内仅少数非靶向基因出现轻微波动,证实了系统的高特异性。两者的联合分析表明,G4结构可通过改变染色质构象直接影响转录活性。

2. Adv Sci:聂广军/赵颖/杨尹默团队揭示超级增强子在胰腺导管癌药物治疗中起重要作用(DOI: 10.1002/advs.202308637)

图5. 多组学联合分析SE

3. Nat Commun:YTHDF2通过m6A修饰调控CD8 T细胞多功能性以增强抗肿瘤免疫(DOI: 10.1038/s41467-024-53997-6)

图6. 多组学分析结果