Hub enhancer 疾病核心调控元件多组学研究方案
2025-07-10
01
｜HubRNA精准锁定
RIC-seq（RNA 原位构象捕获）联合long RNA-seq，筛选空间互作枢纽RNA（HubRNA），锁定关键调控靶点。
02
｜增强子-启动子汇总全景解析
RIC-seq + H3K27ac CUT&Tag 联合分析，揭示 uaRNA-eRNA动态互作网络，绘制增强子调控图谱。
03
｜肿瘤核心调控回路分析free
H3K27ac CUT&Tag 数据深度挖掘，解析CRC（核心调控回路），定位驱动肿瘤发生的关键转录因子。
04
｜跨癌种临床关联验证
独家亮点！将 uaRNA-eRNA 互作网络与TCGA 数据库18种常见癌症表达谱关联，验证调控通路的普适性与癌种特异性。
05
｜Hub-增强子驱动突变预测
RIC-seq 鉴定 Hub-enhancer 区域，结合遗传变异数据（如 SNP），预测功能突变对空间互作的破坏机制。
06
｜HubRNA临床表达谱全景展示
HubRNA 在 TCGA 18 种癌症中的表达趋势可视化，为靶点转化提供跨癌种证据支持。
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Cai Z, Cao C, Ji L, et al. RIC-seq for global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions. Nature. 2020;582(7812):432-437. doi:10.1038/s41586-020-2249-1 -
Cai Z, Zhao H, Xue Y. Protocol for profiling virus-to-host RNA-RNA interactions in infected cells by RIC-seq. STAR Protoc. 2024;5(3):103149. doi:10.1016/j.xpro.2024.103149 -
Ye R, Zhao H, Wang X, Xue Y. Technological advancements in deciphering RNA-RNA interactions. Mol Cell. 2024;84(19):3722-3736. doi:10.1016/j.molcel.2024.06.036 -
Cao C, Cai Z, Ye R, et al. Global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions with RIC-seq. Nat Protoc. 2021;16(6):2916-2946. doi:10.1038/s41596-021-00524-2 -
Ye R, Hu N, Cao C, et al. Capture RIC-seq reveals positional rules of PTBP1-associated RNA loops in splicing regulation. Mol Cell. 2023;83(8):1311-1327.e7. doi:10.1016/j.molcel.2023.03.001 -
Ye R, Hu N, Cao C, et al. Capture RIC-seq reveals positional rules of PTBP1-associated RNA loops in splicing regulation. Mol Cell. 2023;83(8):1311-1327.e7. doi:10.1016/j.molcel.2023.03.001 -
Liang L, Cao C, Ji L, et al. Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity. Nature. 2023;619(7971):868-875. doi:10.1038/s41586-023-06323-x
