Aging Dis：NeuroD1通过内皮基因重编程增强AAV-PHP.eB转导并促进缺血性中风的多靶点修复（DOI: 10.14336/AD.2023.1213）

这项研究揭示了NeuroD1通过调控内皮细胞基因表达增强AAV-PHP.eB转导效率并促进缺血性中风后神经修复的机制。研究利用DRUG-seq技术分析了Tie2-cre小鼠静脉注射AAV-PHP.eB病毒（携带NeuroD1或对照GFP）后内皮细胞的转录组变化。DRUG-seq分析表明，NeuroD1显著降低Ly6A等内皮标志物表达，重塑病毒转导模式。治疗后BBB完整性恢复，神经炎症减轻，神经元凋亡减少，同时促进星形胶质细胞向神经元转化，最终改善中风后运动功能。

实验设计示意图（Tie2-cre小鼠静脉注射病毒后，通过DRUG-seq分析内皮细胞基因表达）

（D）NeuroD1治疗组与对照组的差异表达火山图；（E）NeuroD1调控的DEGs富集于吞噬作用等生物学过程

研究案例

1. Cell Stem Cell：利用iPSC衍生的静脉内皮细胞建模血管畸形及药物发现（DOI: 10.1016/j.stem.2024.10.015）

这篇文章利用iPSC分化、CRISPR-Cas9、体外功能测定、体内肾包膜移植和DRUG-seq等方法，生成了携带TIE2基因突变的人类静脉内皮细胞（iVEC），构建了能模拟人类静脉畸形（VM）的体外和体内模型，并通过AI辅助的DRUG-seq筛选发现Bosutinib是潜在的治疗药物。研究中利用DRUG-seq结合深度学习模型（DLEPS），对携带TIE2突变的iVEC进行了高通量药物筛选，通过分析候选药物处理后细胞的转录组变化，识别能够逆转VM表型、使突变细胞转录组更接近野生型细胞的潜力药物。

2. Oncogene：结核分枝杆菌通过EsxB抑制METTL14介导的Nox2 mRNA m6A甲基化以削弱抗结核免疫（DOI: 10.1038/s41388-025-03309-z）

这项研究通过整合单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq，结合CRISPRi、ATAC-seq及DRUG-seq等技术，探究了全反式维甲酸（ATRA）诱导PML/RARα+急性早幼粒细胞白血病（APL）细胞系NB4分化的调控机制。研究发现ATRA通过激活PML/RARα靶向增强子，触发SPI1和CEBPE转录因子形成的正向调控环路，驱动NB4细胞跨越命运决策点完成终末粒细胞分化，并在非APL白血病细胞（HL60、K562）中验证了该环路的普适性分化诱导作用。其中DRUG-seq用于高通量分析SPI1和/或CEBPE过表达在NB4、HL60和K562细胞中的转录组效应，揭示了这些转录因子单独或协同激活粒细胞相关基因（如中性粒细胞脱颗粒通路），证实其在缺乏ATRA时仍能诱导部分分化程序。

3. Oncogene：基于体内、类器官和患者数据的揭示CRIPTO在驱动侵袭性前列腺癌中的多层面作用（DOI: 10.1038/s41388-024-03230-x）

这项研究通过结合小鼠模型、类器官培养和患者数据，深入探讨了CRIPTO在前列腺癌发生和进展中的作用。研究人员构建了在前列腺特异性表达可诱导型Cre酶，并在CARNs（castration-resistant Nkx3.1-expressing cells，前列腺癌中发生癌变的靶细胞群）中敲除Cripto的转基因小鼠模型 。通过对不同基因型小鼠进行去势和睾酮再给药处理，模拟前列腺癌的进展过程。研究还分析了欧洲多中心高危前列腺癌临床和转化研究组（EMPACT）患者队列的组织芯片（TMA）数据，评估CRIPTO表达与临床及PSA进展的相关性。其中利用BRB-seq（DRUG-seq）对小鼠前列腺组织和类器官的转录组进行了测序和分析，重点分析了差异表达基因的功能富集，特别是MYC靶基因的变化。研究结果发现CRIPTO 驱动侵袭性前列腺癌的发生和进展，且与MYC协同作用，提示CRIPTO是潜在的治疗靶点和生物标志物。