RIP-seq
项目简介
RADICL-seq（RNA And DNA Interacting Complexes Ligated and sequenced）是一种探索 RNA 与染色质相互作用
的新技术，绘制细胞核内 RNA 与染色质的相互作用图谱，能够鉴定不同类转录本的基因组覆盖模式，以及细胞特异性的
RNA- 染色质相互作用。利用 RADICL-seq 可以在 RNA 与基因组靶标区域相互作用时捕获 RNA，并对捕获的每个 RNA 进行全面定位。RIP（RNA Immunprecipitation）是研究细胞内 RNA 与蛋白结合情况的技术，适用于研究转录后调控网络动态过程，能帮助我们发现特定蛋白质的目标 RNA 分子，包括 lncRNA、mRNA 或其他非编码 RNA。RIP 实验运用针对目标蛋白的抗体，沉淀相应的 RNA- 蛋白复合物，经过分离纯化，后续可对结合在复合物上的 RNA 进行 qPCR（RIP-qPCR）、芯片分析（RIP-chip）或测序（RIP-seq）。RIP 可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀 ChIP 技术的类似应用，蛋白结合对象为 RNA。RIP-seq可在全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的 RNA 区域或种类，且可比较多个样品间差异。
技术原理
裂解细胞，运用针对目标蛋白的抗体，沉淀相应的RNA- 蛋白复合物，用 Protein A/G 磁珠和相应抗体进行免疫沉淀实验，提取 RNA，反转录成 cDNA，双末端加接头，PCR，构建文库，凝胶电泳后提纯，进行高通量测序，后续进行生物信息学分析，实验验证。
应用与优势
技术应用
在 全 转 录 组 水 平 寻 找 与 已 知 蛋 白 结 合 的 lncRNA/mRNA/circRNA，揭示 long RNA 作用机理。
技术优势
表观生物 RIP-seq 整体服务包括前期 RIP 实验的操作，客户只需提供细胞样本，由表观生物进行专业的 RIP 实验，可获得全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的 RNA 区域或种类以及多个样品间的差异。
测序方案
测序平台：Illumina NovaSeq 6000
测序模式：PE 150
测序数据量：10G base
送样要求
细胞，≥ 1×107 个细胞 / 样本
样本类型
分析内容
1. 测序原始 reads 去接头，质量控制
2. 参考基因组比对（Mapping）
3. RIP-target 分析
4. RIP-target GO 分析
5. RIP-target KEGG 分析