项目简介
SLAM-seq服务(RNA代谢测序)

传统的转录组测序技术,可以揭示RNA在一个稳定状态下质和量上的变化,但是这仅仅是基因表达的一个“快照”,无法观察到RNA转录、加工和降解的细胞内动态过程。SLAM-seq,即thiol(sh)-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA,可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”,可观察转录的实时情况和特征。

通过研发成熟的代谢RNA标记方法和高通量测序技术,SLAM-seq能从单核苷酸水平上检测整合到总RNA中的核苷类似物4-硫尿苷(S4U),绘制RNA聚合酶II依赖性的基因表达动态,是一种操作性强、稳定、可靠的基因表达调控机制研究方法。

应用与分析

技术应用
1. 检测基因转录水平的变化 2. 研究RNA半衰期、稳定性 3. 深入研究基因转录调控机制 4. RNA修饰如m6A、m1A、ac4C等作用机制的研究
分析内容
1. 序列比对 2. 文库质控 3. Mapped Reads过滤 4. 背景T>C SNP校正 5. mRNA或longRNA*异表达分析 6. 靶基因GO富集分析 7. 靶基因KEGG富集分析 8. mRNA或longRNA转录本水平T>C counts计数与表达量化 9. mRNA或longRNA转录本水平Total reads计数与表达量化 10. mRNA或longRNA稳定性分析 11. mRNA或longRNA半衰期计算