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2019国自然超级增强子、RNA修饰、胞外囊泡项目解析
发布时间:2019-08-30 10:07:36

8月16日,翘首以盼的国家自然科学基金项目终于公布了。在医学与生物学相关研究领域中,表观遗传学现有的研究成果,是咱们华人科学家贡献比较多的一个领域。而从2019年国家自然科学基金中,我们也看到了许多令人兴奋的表观遗传研究项目。今天,Epi老师来跟大家盘点一下。


超级增强子

“增强子”相关的2019NSFC中标项目共48个,资助金额共2154.5万元。


2013年Richard A. Young关于超级增强子的研究,引燃了这个领域。经过了6年的发展,如今以超级增强子为靶点的肿瘤治疗用小分子抑制剂已进入临床研究阶段。

从上图可以看到,今年增强子项目增幅达到了78%。大部分中标项目对超级增强子的研究已深入作用机制,其中9个项目研究的是超级增强子驱动非编码RNA从而对疾病发生发展产生影响,包括miRNA、lncRNA、circRNA;还有16个项目研究的是超级增强子与编码基因/转录因子互作的机制。与肿瘤相关的项目有26个,涉及15个癌种,包括胶质瘤(3项)、乳腺癌(3项)、鼻咽癌(3项)等;农口的项目也有4个,其余项目与人类其他生理或病理相关。


2019 NSFC 增强子相关项目列表



在以上这些增强子中标项目中,中山大学斩获的项目数最多,有9项;其次是南京医科大学,4项;上海交大和南通大学各占3项。

在增强子的47个项目中,项目名称明确为超级增强子的占了24项。超级增强子的先驱者 Richard A. Young与 JQ1/iBET 研发者 Bradner J.E.这两位科学家曾预言超级增强子具有广阔的研发前景和价值,必将成为下一个药物研发的黄金靶点,有望开发一种精确影响基因调控元件的药物。这两位科学家也因此联手成立Syros公司,研发针对超级增强子的抗癌药。但是迄今为止,我们对超级增强子的了解十分有限,留给研究者的谜团还有很多。预计未来还会有更多的中国研究者知难而上,在超级增强子研究领域掀起更大的风云。


RNA修饰

“RNA修饰”相关的2019NSFC中标项目共176个,资助金额共7998.5万元。



今年RNA修饰的中标项目达到了176项!与去年相比,增幅达到了271%!这个增长势头,宛如2015年的外泌体。类比外泌体的增长速度,预计明年RNA修饰中标项目会超过300个!


(还有30项中标项目名称中未示具体研究的修饰类型)


这176项RNA修饰中标项目中,以研究m6A甲基化修饰的为主,研究m1a和m5c的比较少(各3项)。各位研究者也可以关注m1a、m5C、ac4C等新兴的RNA修饰类型,它们同样有着巨大的研究价值。


从上图可以看到,这些项目主要关注的仍然是医学,中医药研究有5项,此外农口的研究也有14项;而医学中最多的研究不出所料是肿瘤方向的。

去年有两项近300万资助金额的RNA甲基化重点项目,而今年有3项重点项目,4项优青项目:




细胞外囊泡/外泌体

“细胞外囊泡/外泌体”相关的2019NSFC中标项目共526个,资助金额逾2亿!


今年获得高额资助的重大项目有4项,而去年只有一项:

细胞外囊泡/外泌体深入功能背后的机制研究,比如“EV通过miRNA/lncRNA/circRNA/mRNA/蛋白介导某通路/调控某基因,从而对疾病产生作用”,几乎已经是NSFC的标配了,单纯进行细胞外囊泡/外泌体疾病标志物筛选的研究少之又少。值得注意的是,继去年出现RNA甲基化、蛋白甲基化的外泌体项目,今年继续出现了m6A/组蛋白修饰和外泌体“双热点”的研究项目。表观生物在去年年底已把握研究先机,独家推出外泌体RNA甲基化测序服务(exosomes meRIP-seq):


去年7月,Nature报道大部分EV表面都携带有PD-L1,启示外泌体PD-L1作为抗PD-1治疗的预测物的应用潜力,2018年可谓是EV PD-L1元年(点击查看该研究的解读)。今年的NSFC中,相关的研究随即跟上了,有14项!


除了机制研究,两年前NSFC中已出现关于EV转化应用于临床的研究项目(2017NSFC有7项),但主要是液体活检方向。今年,我们看到EV作为靶向治疗的递送工具的相关研究有13项:


越来越多的研究者关注EV于临床方面的巨大应用价值并着手研发,希望这些研究早日获得成果,造福于人类。


2020NSFC 申请小建议


1. m6A甲基化今年可谓炙手可热,犹如2015年的外泌体。在同类竞争激烈的情况下,关注RNA修饰的研究者可以选择:1)联合多热点分析,比如细胞外囊泡/EV的RNA修饰;2)RNA修饰不止m6A,可以留意m1a、ac4C,这些修饰研究技术也已经成熟,条条大路通罗马;3)之前m6A修饰研究样本仅限于细胞模型,这囿于之前meRIP-seq检测技术需要的RNA样本量较大。现如今表观生物已推出微量meRIP-seq服务,解决RNA量较少的临床样本m6A修饰检测难题。临床样本的m6A修饰研究,可进一步丰富我们对RNA修饰与疾病关系的了解。


2. 细胞外囊泡/外泌体方向的标书多如牛毛,如何脱颖而出?比深度?大家都深入机制研究了。我们看到应用方面的EV研究项目比较少,这里所说的“应用”一指的是研究EV所需的工具,目前EV研究者对更方便、更准确的EV分离、提纯工具需求还是很大,今年获得资助金额最多项目:细胞外囊泡的单颗粒多参数定量分析技术及亚群分离鉴定,就是EV研究工具的研发“应用”二指EV研究成果转化到医学,临床上的应用。如果能有更多的临床样本数据验证EV的研究结论的正确性是极好的。表观生物利用机器学习和深度学习算法,对客户的疾病胞外囊泡长RNA测序数据作出分析,构建疾病预测模型,有助于推动细胞外囊泡/外泌体理论研究成果转化到临床应用。


3. 超级增强子研究在今年NSFC来看,仍然是一个小众的存在。2018年7月,Science报道超级增强子通过相分离调控基因表达。在我看来,超级增强子拥有一切能够成为研究热点的元素:与疾病相关,特别是肿瘤;与其他热点密切相关,比如刚说的相分离;调控的靶点可通过药物精准抑制,有望研发药物;最最最重要的是,现在“入坑”还未晚!

看到这里,你可能会说:道理我都懂,但是研究超级增强子难啊。表观生物超级增强子鉴定服务是我们的拳头产品,已累积两年的项目经验,服务成果已协助十多位合作客户成功中标NSFC。我们还继续推出更多更深入的超级增强子机制研究工具,完备的研究手册将在本公众号发布,敬请留意。


以上数据如有不符,请以国自然官方信息为准。

 
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