杨建华教授

 



研究方向

1、开发基于新一代测序技术(NGS)的新算法和实验方法解码非编码RNA基因的功能和调控网络

2、整合高通量癌症基因组数据结合实验研究非编码RNA在疾病发生发展中的作用

3、开发表观转录组学的分析和实验方法研究RNA修饰的功能和机制


学术成就

长期致力于开发新算法、平台和实验方法研究非编码RNA基因和RNA修饰及其互作蛋白的结构、功能和作用机制。

以通讯作者或第一作者身份在Nature、Nature Cell BiologyCell ResearchNucleic Acids Res.Cell Reports等杂志发表20多篇研究论文,以合作者身份在Nature MethodsCell Stem Cell等杂志发表10多篇研究论文。通讯作者或第一作者的研究论文有14IF>10.0,其中5篇研究论文被选为ESI高引用论文1篇被Nature Cell Biology杂志亮点评述,1篇被选为Cell Research杂志的封面和亮点评述1篇论文入选“2014年中国百篇最具影响国际学术论文”, 单篇最高SCI他引超过400。开发的工具被Nature等杂志引用超过1200次,受邀在Springer出版社出版了4篇关于非编码RNA研究方法的论著章节。

率先利用CLIP-seq、ChIP-seq和Epitranscriptome数据和概率罚分模型等开发新的算法和平台,包括starBase、snoSeeker、 StarScan、 circScan、RMBase、tRF2cancer、ChIPBase、deepBase等。starBase平台已成为国际同行最广泛使用的非编码RNA功能网络预测工具之一(starBase平台在google scholar总引用超过1000


代表论文

1. Huang H, Weng H, Yang JH*, et al. Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides m6A RNA modification co-transcriptionally[J]. Nature, 2019: 1.

2. Huang H, Weng H, Sun W, Yang JH*, et al. Recognition of RNA N6-methyladenosine by IGF2BP proteins enhances mRNA stability and translation. Nat Cell Biol. 2018 Mar;20(3):285-295.

3. Xuan JJ, Sun WJ, Lin PH, Yang JH*, et al. RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modif ications from epitranscriptome sequencing data. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D327-D334.
4. Zheng LL, Zhou KR, Liu S, Yang JH*, et al. dreamBase: DNA modif ication, RNA regulation and protein binding of expressed pseudogenes in human health and disease. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D85-D91.
5. Wang ZL, Li B, Luo YX, Yang JH*, et al. Comprehensive Genomic Characterization of RNA-Binding Proteins across Human Cancers. Cell Rep. 2018 Jan 2;22(1):286-298.
6. Zhou KR, Liu S, Sun WJ, Yang JH*, et al. ChIPBase v2.0: decoding transcriptional regulatory networks of non-coding RNAs and protein-coding genes from ChIP-seq data. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D43-D50.
7. Zheng LL, Xu WL, Liu S, Yang JH*, et al. tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W185-93.
8. Bao X, Guo X, Yin M, et al. Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nat Methods. 2018 Mar;15(3):213-220.
9. Yang JH†, Gou LT†, Dai P†, et al. Pachytene piRNAs instruct massive mRNA elimination during late spermiogenesis. Cell Res. 2014 Jun;24(6):680-700.

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