新品上市| Galaxy单细胞转录组测序服务，开启单细胞探索之旅
达普Galaxy星海单细胞建库系统
项目简介
单细胞转录组测序是在单个细胞水平上对转录组进行高通量测序分析的一项技术，本质是对极微量核酸进行测序检测。
表观生物推出基于达普Galaxy 星海单细胞建库系统的转录组测序服务，此平台采用凝胶编码微球配套试剂和专利微流控油包水液滴技术，单次可捕获数百至数万个细胞，精确高效地包裹单细胞（≥50%），助力肿瘤、干细胞、发育等方向疾病机制研究、细胞特异性分析，发现标志物，开发药物等研究。
技术原理
通过给每一个微液滴打上编码，当细胞在微液滴中裂解时，编码微球上的核酸序列引入到 cDNA 序列中，直接给每个细胞的基因组加上分子标签，在分析测序数据时，根据分子标签信息将基因回归到单个细胞，实现单细胞水平精度的基因信息分析。
技术优势
1. 基于专利微流控油包水快速高通量单细胞包裹的新一代单细胞液滴分选技术
2. 高效捕获，细胞捕获率≥50%
3. 凝胶编码微球高效捕获单细胞mRNA
4. 性能优，可一次性分离数万细胞
送样要求
细胞，尺径≤50μm，数量≥5x105个/样本
样本类型
≥0.1g/样本
组织
仅限人和大小鼠
样本物种
分析内容
1.细胞tag处理
2.序列比对
3.UMI计数
4.低质量细胞过滤
5.主成分分析
6.无监督聚类分析
7.细胞亚群再分群分析
8.差异分析
9.细胞类型注释
10.细胞间相互作用分析
11.细胞内基因调控网络分析
12.细胞分化轨迹分析
13.KEGG分析
14.GO分析
图1. 人PBMC样本测序结果，分别为数据整体情况，有效细胞数量鉴定，细胞聚类分析，基因数目分析
结果示例
图2. 小鼠皮肤组织测序结果
图3. 人卵巢内皮组织测序结果
图4. 小鼠脑组织样本测序结果
图5. 小鼠肝脏组织测序结果
图6. 冷冻肿瘤组织样本测序结果
案例解读
Cancer Cell：绘制肾癌瘤内和相关区域的单细胞转录组和空间转录组图谱[1]
此研究绘制了12名肾脏肿瘤患者约27万个细胞的单细胞转录组图谱，然后用空间转录组学进行验证。单细胞转录组识别的新突变，有助于广泛地推断基质细胞的克隆性和谱系并追踪髓系细胞的分化。此外，研究发现了肿瘤细胞具有六个元程序以及上皮-间质转化程序在肿瘤-正常界面高度富集，并与IL1B+巨噬细胞共同定位，这为肾癌的治疗提供一个潜在的治疗靶点。
样本设置：
（1） 从12名肾癌患者的外周血、正常肾脏、肿瘤核心的四个不同的区域和肿瘤正常界面中采集组织，以及肾周脂肪、正常肾上腺、肾上腺转移和肿瘤血栓的组织，进行单细胞转录组测序
（2） 8名患者的11个肿瘤正常界面和5个肿瘤核心组织切片，进行了空间转录组学分析。
图7. 单细胞转录组测序结果，根据典型标记基因的表达，可将其大致分为12种主要细胞类型（图B、C），且并观察到不同的组织中具有不同细胞类型分布（图D）
图8. 细胞亚群分析，确定不同组织中105个细胞亚群的差异性分布
图9. 通过空间转录组分析，发现在多个组织切片中IL1B+巨噬细胞与EMThigh 肿瘤细胞的相关性最强
参考文献
[1] Li R, Ferdinand JR, Loudon KW, et al. Mapping single-cell transcriptomes in the intra-tumoral and associated territories of kidney cancer. Cancer Cell. 2022 Dec 12;40(12):1583-1599.e10.
[2] Zhang, S., Fang, W., Zhou, S. et al. Single cell transcriptomic analyses implicate an immunosuppressive tumor microenvironment in pancreatic cancer liver metastasis. Nat Commun 14, 5123 (2023).
[3] Cohen YC, Zada M, Wang SY, et al. Identification of resistance pathways and therapeutic targets in relapsed multiple myeloma patients through single-cell sequencing. Nat Med. 2021 Mar;27(3):491-503.