RNA乙酰化检测
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RNA乙酰化ac4C测序acRIP-seq
发布时间:2019-12-05 15:57:02

       N4-acetylcytidine (ac4C),N4位乙酰胞嘧啶,是真核原核生物中保守的化学修饰,早期研究认为ac4C主要存在tRNA和18S rRNA上[1]。而近期研究显示,mRNA上也存在大量的ac4C,该修饰在促进蛋白翻译,影响RNA稳定性和可变剪接,调控基因表达发挥重要作用,有望成为表观转录组学的新兴发展方向[2,3]

       表观生物积极创新,在国际率先推出ac4C免疫共沉淀测序服务(acRIP-seq),全面解析ac4C在转录组的分布及变化,帮助科研人员深入理解RNA乙酰化在生命和疾病中的作用,促进疾病的精准诊断与治疗研究。



项目流程

RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation,acRIP)基于抗体特异性结合乙酰化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集乙酰化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域,高效获得结果。


图1. acRIP-seq实验流程图


表观生物实测数据


图2-1. 表观实测数据motif分析结果


 图2-2. 已发表论文结果[3]


图3. 人细胞株EEF2基因的ac4C修饰位置



分析内容

1、Peak Calling 分析 

2、Peak 可视化 

3、Peak 统计分析 

4、ac4C 的基本特征

4.1 peak 在基因元件的分布 

4.2 reads 在基因元件的分布 

4.3 Peak 关联基因的特征

5、差异peak 分析 

6、差异peak关联基因GO,KEGG分析 

7、 motif分析

高级分析内容

8、RNA-seq表达差异与ac4C修饰差异关联分析 

9、mRNA可变剪切与ac4C修饰差异关联分析 

10、翻译组RIBO-seq翻译差异与ac4C修饰差异关联分析 


送样要求

样本类型:

1. 总RNA质量>50ug

2. 细胞数量>1.5x107

3. 组织质量>50mg

样本物种仅限人、大小鼠,其他物种需评估


RNA乙酰化ac4C研究路径图






参考文献:

1. Dong, C., Niu, L., Song, W., Xiong, X., Zhang, X., Zhang, Z., Yang, Y., Yi, F.,Zhan, J., Zhang, H., et al. (2016). tRNA modification profiles of the fast-proliferating cancer cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 476, 340–345.

2. Castello, A., Fischer, B., Eichelbaum, K., Horos, R., Beckmann, B.M., Strein,C., Davey, N.E., Humphreys, D.T., Preiss, T., Steinmetz, L.M., et al. (2012). Insights into RNA biology from an atlas of mammalian mRNA-binding proteins.Cell 149, 1393–1406.

3. Arango D, Sturgill D, Alhusaini N, et al. Acetylation of cytidine in mRNA promotes translation efficiency[J]. Cell, 2018, 175(7): 1872-1886. e24.



 
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