SLAM-seq动态转录组（RNA代谢）

这项研究揭示了组蛋白H3K9乳酰化修饰（H3K9la）在胶质母细胞瘤（GBM）替莫唑胺（TMZ）耐药中的作用机制。研究发现H3K9la通过激活LUC7L2转录,进而介导MLH1内含子7滞留，最终导致GBM产生TMZ耐药。同时研究者还发现临床上用于治疗癫痫的药物stiripentol可以通过抑制乳酰化来增强TMZ的敏感性。 在研究方法上，研究团队采用了多组学联合分析策略。主要使用了CUT&Tag测序鉴定H3K9la的全基因组结合位点、SLAM-seq定量新合成的mRNA、RNA-seq分析转录组变化，并将这些数据与CGGA数据库进行整合分析。CUT&Tag分析显示H3K9la在LUC7L2启动子区域富集，而SLAM-seq与RNA-seq联合分析确定了14个潜在靶基因。多组学整合分析进一步证实LUC7L2是H3K9la的重要靶基因，其表达受H3K9la调控。RNA-seq的KEGG和GO分析则显示错配修复通路显著富集。 为验证这些发现，研究团队进行了一系列关键实验。通过ChIP-qPCR验证了H3K9la与LUC7L2启动子的结合，RIP和CLIP实验证实了LUC7L2与MLH1 pre-mRNA的结合。体内外实验则证实stiripentol可以通过抑制乳酰化增强TMZ的治疗效果。 这项研究不仅从表观遗传修饰、RNA剪接调控等多个层面深入阐明了GBM TMZ耐药的新机制，还提出了一种潜在的联合治疗策略，具有重要的临床转化价值。研究通过系统的多组学分析方法为理解和克服GBM的TMZ耐药提供了新的视角和治疗思路。

这项研究系统揭示了NAT10介导的RNA ac4C修饰在心脏重构中的作用机制。研究采用了多组学整合分析策略，包括acRIP-seq用于鉴定ac4C修饰位点和修饰转录本、SLAM-seq分析转录本稳定性和半衰期、Ribo-seq评估翻译效率以及RNA-seq分析基因表达水平。通过acRIP-seq分析展示了ac4C修饰在人类和小鼠心脏重构过程中的变化模式及其富集的生物学过程。SLAM-seq分析表明NAT10过表达显著延长了mRNA的半衰期，在NMCMs中从8.75h延长至11.11h，在NMCFs中从3.36h延长至4.98h，特别是对ac4C(+)转录本的影响更为显著。研究通过多组学数据整合分析，在NMCMs中整合acRIP-seq、RNA-seq和SLAM-seq数据鉴定出62个靶基因，在NMCFs中鉴定出70个靶基因，并通过整合Ribo-seq、acRIP-seq和RNA-seq数据鉴定出7个关键基因。研究发现NAT10通过增加CD47和ROCK2 mRNA的ac4C修饰水平来提高其稳定性和翻译效率，从而促进心脏重构。特别是，使用NAT10抑制剂Remodelin可以通过降低ac4C水平来减轻心脏重构，提示了潜在的治疗策略。这项研究首次系统地展示了ac4C修饰在心脏重构中的调控作用，为心力衰竭的治疗提供了新的靶点。