GlycoRNA-seq：糖基化RNA测序，挖掘多类型、特殊修饰非编码小RNA
项目简介
GlycoRNA（糖基化RNA）是2021年斯坦福大学Bertozzi和Flynn教授团队发现的一种全新的RNA修饰形式。GlycoRNA主要存在细胞表面，其包含多种非编码小RNA（sncRNA），如YRNA、snRNA、sno RNA、小tRNA和小rRNA等小RNA，这些小RNA带有N-glycans的复杂糖链修饰[1]。GlycoRNA已被证实参与免疫调控等重要生物学过程，如发现GlycoRNA可介导中性粒细胞的迁移，从而抵抗感染[2]。
表观生物率先推出GlycoRNA-seq糖基化RNA修饰测序服务，为科研同仁提供前沿研究的解决方案。GlycoRNA-seq采用Ac4ManNAz标记和点击化学法，或最新的rPAL法[3]，高效富集GlycoRNA，并结合专业的PANDORA-seq[4]，检测到更多类型的、带有特殊糖修饰的sncRNA，助力您深入探索GlycoRNA的奥秘，开拓RNA修饰研究的新领域！
图1. 基于Ac4ManNAz方法的技术步骤[1,2] （注：依赖细胞的代谢活性，适合活细胞样本，不适用组织样本）
技术原理
客户自行选择使用Ac4ManNAz方法或rPAL方法
图2. 基于rPAL方法的技术步骤[3] （注：样本类型适用性更广，捕获效率更高）
技术优势
1. 能检测低丰度的GlycoRNA，提供全面、更精细GlycoRNA图谱
2. 同时获取多类型的、带有特殊糖修饰的sncRNA
3. 分析信息丰富，包括序列信息、各类sncRNA表达差异分析等。也可结合质谱分析，推测GlycoRNA上聚糖的类型和结构、不同样本间聚糖组成的差异等
技术应用
1. 研究GlycoRNA在不同物种、组织和细胞中的表达谱和功能差异或修饰模式
2. 研究GlycoRNA的调控机制，探索其与其他分子的相互作用
3. 研究药物对GlycoRNA表达和修饰的影响，开发基于GlycoRNA的新型药物
4. 研究GlycoRNA的生物发生通路或者是糖基化RNA在细胞通讯和细胞间相互作用中发挥的作用
5. 研究与疾病相关的GlycoRNA生物标志物，探索潜在靶点
6. 联合应用质谱分析，检测翻译后修饰；鉴定聚糖类型、组分；糖RNA位点；蛋白质糖基化修饰等。全面分析 GlycoRNA 的表达、修饰和功能
送样要求
捕获方法二选一（Ac4ManNAz或rPAL）
1. 细胞：
Ac4ManNAz方法：≥3×106个细胞
rPAL方法：≥2×106个细胞
2. 组织：
提供 RNA later 处理的组织，≥0.2 cm（仅适用rPAL法；25 mg 组织大约可以提取30 μg总RNA）
3. 全血：
建议≥5 mL，最少3 mL
4. RNA：
Ac4ManNAz方法：≥50 μg（已标记Ac4ManNAz）
rPAL方法：≥30 μg
5.实验设计至少 2 vs 2，优先 3 vs 3 或更多 replicate
温馨提示：预先配置含有终浓度100 μM Ac4ManNAz的培养基，参考文献[1]或者详询技术支持。详细送样要求、所需样本量及其预处理方案请详询。
分析内容
基本分析 1. 原始reads过滤，质量控制 2. 基因组比对 3. 非编码RNA database比对（tRNA、rRNA等） 4. sncRNA长度及分类统计 5. 各类sncRNA定量分析 6. 各类sncRNA表达差异分析（tsRNA、rsRNA、piRNA等） 7. 差异表达sncRNA聚类分析（仅限生物学重复） 高级分析 1. 序列TOP20饼图和TOP2柱状图 2. 客户自选不多于50个sncRNA进行分析 3. 靶基因预测 4. 靶基因GO分析 5. 靶基因KEGG分析
图1. 不同细胞类型中GlycoRNA的种类
案例
Cell：中性粒细胞招募的关键介质“糖基化RNA”[2]
这篇文章探讨了GlycoRNA在小鼠中调控中性粒细胞招募的功能。研究表明，GlycoRNA主要存在于中性粒细胞上，对其向炎症部位的迁移至关重要。中性粒细胞的GlycoRNA通过与内皮细胞上的P-selectin结合，促进了中性粒细胞的粘附和迁移。研究发现，Sidt基因家族对GlycoRNA的表达和功能至关重要，缺失这些基因会显著降低中性粒细胞的招募能力。此外，还揭示了GlycoRNA的生物学重要性，强调了RNA介导的细胞功能的新维度。通过进一步实验，证实了GlycoRNA在中性粒细胞与内皮细胞互作中的关键作用。
图2. GlycoRNA isoform来源占比饼图
参考文献
[1] Flynn RA, Pedram K, Malaker SA, et al. Small RNAs are modified with N-glycans and displayed on the surface of living cells. Cell. 2021;184(12):3109-3124.e22.
[2] Zhang N, Tang W, Torres L, et al. Cell surface RNAs control neutrophil recruitment. Cell. 2024;187(4):846-860.e17.
[3] Xie Y, Chai P, Till NA, et al. The modified RNA base acp3U is an attachment site for N-glycans in glycoRNA. Cell. 2024;187(19):5228-5237.e12.
[4] Shi J, Zhang Y, Tan D, et al. PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications . Nat Cell Biol. 2021;23(4):424-436.