ISO-SLAM-seq
项目简介
ISO-SLAM-seq技术，是SLAM-seq与ISO-seq的结合，通过研发成熟的核苷类似物4-硫尿苷(S4U)代谢RNA标记方法和基于Oxford Nanopore Technology纳米孔测序平台的三代全长转录组测序方法，ISO-SLAM-seq能检测整合到总RNA中的S4U，观察新生mRNA，获得RNA半衰期和代谢图谱；此外，结合ISO-seq，实现同步检测转录组以及长度长的RNA异构体，研究可变剪切。一次测序，即可满足多项转录组研究需求，大大提升研究的高度、深度、准确性、效率，尤其适用于多组学分子机制及珍贵的临床样本研究。
ISO-SLAM-seq技术流程
技术原理
向合成中的mRNA链中掺入4-thiouridine (S4U)，使原本的碱基T被S4U修饰，从而在反转录中被错认为C，导致原本应该为碱基A的位置错配成为G。通过测序分析这些错配的G，就可以对新合成mRNA或其他longRNA进行直接的定量。最后通过ONT平台精心三代全长转录组测序。
应用与分析
技术优势
1.同步检测转录本图谱、异构体、可变剪切与RNA稳定性
2.节省珍贵的临床样本，节省样本准备时间和精力，且保持了样本的统一性
3.降低多次测序成本，性价比更高
技术应用
1.识别更长的转录本，研究转录异构体
2.检测RNA可变剪切的情况
3.检测新生RNA转录水平的变化
4. 研究RNA半衰期与稳定性变化
送样要求
数量≥2.5x10^5/样本
样本类型：细胞
质量≥100mg/样本
样本类型：组织
仅限人、大小鼠，其他物种需评估
样本物种
分析内容
一、isoform分析
1. 可变剪切分析
2. 融合基因鉴定
3. SSR分析
4. LncRNA分析
5. PolyA分析
二、isoform联合定量表达分析
1. 转录本定量
2. 转录本差异分析
3. AltTP分析
4. 功能多样性分析(FDA)
5. 差异富集分析
三、新生mRNA分析
1. 识别新生mRNA
2. 新生mRNA半衰期分析
3. mRNA稳定相关性分析
4. 新生mRNA差异分析
结果示例1
isoform差异热图
结果示例2
isoform显著差异火山图
结果示例3
不同类型转录本稳定性比较分析
结果示例4
单个基因的稳定性分析