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发布时间:2020-03-15 18:16:10


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项目简介:

       RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine,m5C)等。     

       最新研究发现,m6A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题。

      表观生物最新开发微量meRIP-seq技术,通过技术优化,大幅降低meRIP的样本要求量,500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术,可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱,帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。


项目流程:

        甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation,meRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,高效获得结果。

  

图1. 微量meRIP实验流程图


表观生物实测数据


图1. PeakRNA结构上的分布pie



图2. PeakRNA结构上的分布metageneplot




图3. motif分析结果



图4. RNA修饰位点交集韦恩图





图5. 差异RNA修饰水平聚类热图



图6. 多组学关联分析四象限图(RNA-seqmeRIP-seq



图7. 多组学关联分析累计分布图(RNA-seqmeRIP-seq


图8. UCSC导出peak序列(与单位点修饰预测分析一致)




图9.  IGV基因峰图




送样要求 

样本类型:

1. 总RNA,500ng--20ug 

2. 细胞,数量为5x106~107 

3. 组织,质量为10~20mg  

样本物种:
 仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估 
  

基本分析

1.测序原始reads去接头,质量控制(QC)

2.参考基因组比对(Mapping)

3.富集区域鉴定(PeakCalling)

4.富集区域注释(PeakAnno)

5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析

6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图

7.Motif分析

8.Peak基因GO和KEGG分析

9.差异Peak分析(即差异RNA修饰mRNA、lncRNA)

10.差异Peak基因GO和KEGG分析

高级分析

1.单位点修饰预测分析(SingleSite)

2.差异RNA修饰热图(Heatmap)

3.累计分布曲线分析(Cumulative Distribution Fraction Analysis)

4.关联分析(与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析)

5.关联分析四象限图

6.关联分析热图(Heatmap)

7.IGV峰图(附5个基因)



       推荐阅读:RNA甲基化修饰(m6A)研究技术及方案设计



参考文献:

1.Wang X, et al.N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.

2.Liu N, et al.N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4.

3.Yang Y, Fan X, Mao M, et al. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine[J]. Cell Research, 2017.

 
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