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祝贺第二期表观专题研习班(增强子)成功举办!
发布时间:2019-11-19 15:07:41

         2019年11月10日,表观生物在广州浙江大厦成功举办了第二期表观专题研习班。

习班现

       本次研习班内容围绕增强子与染色质高级结构,讲师为军事医学研究院赵志虎研究员、中科院生物物理所薛愿超研究员、中科院动物研究所周兵研究员、中山大学吴新贵博士以及表观生物生信技术总监王泽林,他们分别结合自己研究经验,为学员分享讲解了增强子研究思路和技术。

 赵志虎研究员关注基因组三维高级结构的研究技术,长期从事基因组学与表观基因组学、合成生物学等研究。在国际上首创了环形染色体构象捕获技术4C-seq,推动了染色质高级结构研究领域的发展,具有较高的国际影响力。在本次研习班上,赵志虎研究员给大家系统地介绍了染色质三维研究技术的发展过程以及相关的科学家(英雄谱),比较了3C、4C、Hi-C等技术的特点和应用,介绍了CUT & Run 和CUT & Tag等网红新技术,并通过案例讲解如何将这些技术应用于肿瘤等人类疾病研究中。赵志虎研究员的报告内容丰富多彩,而且幽默风趣,科学之中又蕴含哲理,深得学员喜欢。 


赵志虎研究员介绍染色质三维结构研究技术的发展


薛愿超研究员主要从事RNA结合蛋白和非编码RNA在细胞重编程、干细胞分化及癌症发生过程中的功能机制研究。本次研习班,薛愿超研究员为学员介绍了增强子RNA(eRNA)的特征、研究策略、调控基因转录的机制,并对增强子相关课题设计给出了建议,比如可研究增强子相关突变的致病机理、超级增强子对肿瘤发生过程的影响、在发育分化和细胞命运决定过程中的功能等。最后薛愿超研究员还介绍了最新开发的研究RNA与RNA相互作用的RIC-seq技术及尚未发表的重要研究成果,对学员后续开展相关的课题具有重要的启示意义。

薛愿超研究员将自己宝贵的研究经验倾囊授与学员们


周兵研究员设计并开发了GRID-seq的计算与分析流程,研究主要围绕细胞的身份决定与维持、干性与可塑性的细胞微环境、器官衰老与再生等科学问题。在课程中,周兵研究员从Hi-C和TADs谈起,新生RNA也参与到promoter-enhancer的互作;再结合已发表文章,介绍GRID-seq如何捕获全基因组RNA相互作用,准确地揭示基因的表达和表观遗传机制的动态调控进一步了解GRID-seq请点此处最后部分周兵老师介绍了实验室最新发布的分析工具GRIDTOOLS(https://github.com/biz007/gridtools),这套免费开源的分析工具功能强大,整合了转录组、表观组、染色质开放性、RNA-DNA互作组、DNA-DNA互作组等多重组学的数据,可以在更为系统宏观的层面加速对表观遗传与分子互作机制的研究,具有重大的应用价值。


  

周兵研究员谈基因组三维结构技术


       在与三位导师的自由交流环节,学员提出了很多具有深度的问题,而三位导师都

给予详细和耐心的解答,在学员的一再要求下,提问环节时间一再延长,解决了很多学员的疑问和困惑。

 

在与三位导师的自由交流环节,学员们踊跃提问


下午的报告中,来自中山大学的吴新贵博士带来了题为“增强子在三维基因组中的研究及进展”的精彩报告。吴博士属于国内较早进入超级增强子研究领域的研究人员,于2017年在stem cell report以共一作者身份发表文章,揭示YY1与BAF复合体互作通过调控超级增强子来维持胚胎干细胞的多能性。本次的报告,吴博士详细介绍了超级增强子的相关内容,包括超级增强子与疾病的相关研究进展及涉及的研究技术,通过实际案例解析,对增强子相关的课题设计和基金申请提供了参考建议,对于即将进入本领域的学员具有很好的借鉴意义。

 

吴新贵博士结合自身经验给出增强子课题设计建议


       表观生物生信技术总监王泽林博士擅长各种基因组学层面的大数据分析,精通基因组信息与临床表征信息的整合分析以及各种数据的可视化。他在研习班下午的课程中讲授了如何联合SLAM-seq、ATAC-seq、HiChIP深入研究增强子调控机制,还教大家使用Cytoscape软件、SEdb数据库、GEPIA等增强子生信分析实战中的利器,学员们获益匪浅。


王泽林博士教大家使用常用的增强子修饰生信分析工具和数据库


在技术讲座部分,表观生物总经理杨学敏向各位学员介绍了超级增强子研究技术与课题设计,分析了增强子国内研究的现状与趋势,针对2020年的国自然基金申请提出了参考建议,并详细介绍了鉴定和研究增强子功能的最新工具:CUT&Tag、Biotin-dCas9 CAPTURE 4C-seq/MS、dCas9-P300/KRAB,这些技术有望加速增强子研究领域的发展,提高研究效率和降低科研成本,引起学员的广泛关注和会后咨询。

 

杨经理为大家带来浓缩而精华的技术讲座


 

技术讲座上展示的增强子功能研究工具


本次研习班适逢表观生物成立三周年,在下午茶歇时间,我们与全体学员分享了公司成立三周年的喜悦,感谢各位学员、客户一路上的支持和关爱!表观生物将秉持“凝聚表观科技,赋能医学研究”的使命,怀着对生命与科学研究的敬畏之心,继续为大家带来优质的、前沿的科研服务!

表观生物三周年步步高升!


 

表观生物团队期待与各位再次相遇!


 
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