新闻资讯
您现在的位置:首页 >> 新闻资讯
【促销】微量meRIP-seq联合SLAM-seq、Ribo-seq,深入解析RNA甲基化靶点与作用机制
发布时间:2019-11-03 16:53:03

项目简介:

       RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine,m5C)等。     

       最新研究发现,m6A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、影响蛋白翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题。

      表观生物在国内率先推出微量meRIP-seq技术,通过技术优化,大幅降低meRIP的样本要求量,500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术,可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱,帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。同事,我们首推RNA代谢测序技术:SLAME-seq及翻译组测序技术Ribo-seq,助您深入解析m6A修饰位点及作用机制!


微量meRIP-seq送样要求 

样本类型:

1. 总RNA,500ng--20ug 

2. 细胞,数量为5x106~107 

3. 组织,质量为10~20mg  

样本物种:
 仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估 


表观生物实测数据


 

图1. Peaks结构百分比图


 

图2. m6A修饰位点富集于终止密码子区域


图3. motif分析结果


图4. 实测数据显示某特定基因的m6A修饰区域


分析内容:

一、数据质控
1.测序reads去接头,质量过滤
2.测序数据的质控
3.参考基因组和转录组的比对
4.Reads在基因组各原件的分布
5.富集peak的查找
6.Peak的统计,分布图绘制
7.motif分析
二.m6A修饰差异基因分析
1.差异m6A修饰mRNA注释分析
2.差异m6A修饰mRNA GO/KEGG分析
3.差异m6A 修饰 lncRNA注释分析(含miRNA前体)
三.高级分析
1.m6A修饰单位点注释分析
2.差异可变剪切与差异m6A修饰mRNA关联
3.差异翻译基因与差异m6A修饰mRNA关联


案例   Cell Stem Cell: m6A阅读器YTHDF2下调可抑制白血病  meRIP联合SLAM-seq、Ribo-seq,深入RNA修饰调控机制
     
本研究发现m6A阅读蛋白YTHDF2在AML患者身上广泛过表达,在小鼠和人类AML发生和发展过程中起着关键的作用。研究者敲除白血病前期细胞的YTHDF2,再进行meRIP-seq,发现敲除组中表达水平显著上调的mRNA具有丰富的m6A修饰。为了研究带有m6A修饰的mRNA的上调机制,研究者利用SLAM-seq检测mRNA的半衰期,证实m6A修饰使这些基因的半衰期延长了。

利用meRIP-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组m6A甲基化修饰图谱。B, Ythdf2敲除后mRNA表达减少、不变和增加的3个分组的m6A峰的错误发现率FDR。C, Violin图显示敲除组和对照组的表达变化,分了无m6A修饰、有m6A修饰和丰富m6A修饰的3个组做对比。D, 敲除组和对照组mRNA表达变化的累积分布曲线,敲除组有m6A修饰的mRNA表达上升。


利用SLAM-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组半衰期。E,衰减曲线显示敲降组的mRNA半衰期稍微增长。G,YTHDF2的缺失,使含m6A修饰mRNA半衰期进一步增长。


       随后,研究者利用RIBO-seq检测两个组的蛋白翻译效率,发现YTHDF2的缺失后,无论是有m6A修饰的还是没有m6A的mRNA,翻译效率都没有显著改变。这些结果表明YTHDF2在白血病中促进m6A mRNA的降解,而这个降解受m6A的指导。

利用RIBO-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的翻译效率。H, 火山图显示两组的翻译效率变化。I,  两组mRNA,m6A高水平、m6A低水平和无m6A修饰的mRNA分别的累计分布曲线。


meRIP-seq联合SLAM-seqRibo-seq,进一步研究基因功能与机制!
即日起至11月30日,
三项技术组合优惠价,只需8折!


原文:Paris J, Morgan M, Campos J, et al. Targeting the RNA m6A Reader YTHDF2 Selectively Compromises Cancer Stem Cells in AcuteMyeloid Leukemia. Cell Stem Cell. 2019 Jul 3;25(1):137-148.e6.
质量承诺:meRIP-seq motif分析结果须有显著的 RRACH(常见GGAC) 特征,如无可以申请全额退款或者免费重测!

 
 上一篇:Gut: 复旦大学研究团队发现血浆细胞外囊泡长链RNA谱应用于胰腺导管腺癌的诊断
 下一篇:

关注我们

联系我们

邮箱:service@epibiotek.com
电话:020-89855770   400-775-0875
地址:广州市黄埔区揽月路3号国际企业孵化器A407

关于我们

       表观生物专注于医学表观遗传与转录调控研究领域,提供尖端的新一代测序技术服务和试剂盒开发,推动以表观遗传组学为基础的精准诊断与精准治疗的转化医学应用,造福人类健康。

版权所有:广州表观生物科技有限公司 粤ICP备16111092号