BD单细胞ATAC-seq

这项研究探讨了干扰素调节因子8（IRF8）在出生后小胶质细胞发育和阿尔茨海默病发病机制中的作用。为了解IRF8如何调控小胶质细胞的出生后成熟，作者使用了多种测序技术，包括CUT&RUN、RNA-seq、ATAC-seq、WGBS、scRNA-seq与scATAC-seq联合分析。通过分析IRF8结合位点、转录组、染色质可及性、DNA甲基化和单细胞基因表达，研究发现IRF8在出生后逐步结合到小胶质细胞的增强子区域，协调表观遗传变化，从而指导小胶质细胞特异性基因的表达。其中，作者为了探究IRF8对小胶质细胞染色质可及性的影响及其与转录组的关联，研究人员使用scATAC-seq分析了野生型和IRF8cKO小胶质细胞的染色质可及性图谱、转录因子结合基序、以及染色质可及性与基因表达的关系。此外，还分析了5xFAD模型中吞噬Aβ斑块的小胶质细胞的染色质状态，并与IRF8缺失的影响进行了比较。这项研究表明，IRF8对于建立出生后小胶质细胞的表观遗传图谱和转录程序至关重要，并暗示IRF8可能是AD治疗的潜在靶点。