预售 · FFPE空间转录组测序 | 高特异性双探针杂交,10 μm细胞级高精定位
技术原理
在这个从"一维"走向"三维"的生命科学新时代,单细胞测序让我们看清了细胞的“身份”,而空间转录组技术为细胞身份绘制了精准的"原位地图"。临床存档的FFPE样本常因RNA降解与交联,一直是空间组学研究的硬骨头。表观生物FFPE样本空间转录组测序服务采用赛图基因(CelAtlas)平台,依托高特异性双探针杂交技术,精准锁定降解片段并实现信号高效级联放大,在脑、甲状腺、肾脏、肝脏、肠道、卵巢等多种临床样本实测中,基因检出率与灵敏度表现优异。我们致力于以性能卓越的国产化新选择,全面赋能回顾性队列研究、肿瘤异质性解析与精准分子病理分型。
核心底层硬科技:自主可控,定义单细胞级高精时空
CelAtlas打破技术壁垒,通过自研的“微球铺设空间编码”技术,实现了从编码微球制备、精密空间铺设到光学解码的全链路国产化。
· 超高密度捕获:CelAtlas Space单张玻片捕获区域(每个区域6 × 6 mm),密集分布超过30万个捕获位点。
· 细胞级空间分辨率:捕获位点直径仅为 10μm,相邻位点中心距离10μm。这意味着每一颗微球都是一个精准的时空坐标,能以近单细胞级别的分辨率,完美还原组织内的真实基因表达图谱。
高灵敏度,释放FFPE样本与OCT的极限潜能
在空间转录组实验中,样本的异质性与降解往往是阻碍基因检出率的“大山”。CelAtlas直面行业痛点,针对新鲜冷冻(OCT包埋)与临床存档石蜡(FFPE)两类主流样本进行了深度技术优化,展现出超越国际标杆的超高灵敏度。
CelAtlas-SX(临床FFPE):高特异性双探针杂交,逆转降解困局
临床历史存档的FFPE样本往往伴随严重的RNA降解与交联,是空间转录组公认的硬骨头。CelAtlas-SX采用全新升级的高特异性双探针杂交技术,完全贴合医院标准的病理制片规范。
· 高灵敏表现:针对3年内的临床存档石蜡组织,双探针设计能精准锁定降解片段,实现信号的高效级联放大。
· 超越国际标杆:在脑、甲状腺、肾脏、肝脏、肠道、卵巢、胰腺、膀胱、肺、乳腺以及极难处理的软骨、类器官等临床样本实测中,基因检出率与灵敏度表现突出,显著优于目前市面上的国际标杆品牌。
技术流程
数据分析到顶刊图表
技术应用顶刊案例
浙大团队基于CelAtlas平台,首创SPTEdU-seq技术,融合EdU增殖标记与无光学测序,实现新生细胞原位时空动态追踪,突破传统荧光成像局限(Niu H, et al. Cell Stem Cell. 2026.):
· 脑卒中神经修复:精细重构损伤后反应性星形胶质细胞向神经元重编程的时空轨迹,并鉴定Igfbp5⁺修复型星形胶质细胞,为神经修复提供全新靶点。
· 胚胎发育连续谱系示踪:在E12.5–E15.5小鼠胚胎中实现神经发育的连续追踪,系统解析神经干细胞向成熟神经元分化的分子调控网络。
· 肿瘤微环境与分子病理:在小鼠肾癌模型及人ccRCC样本中,揭示空间可变剪切事件与新生细胞驱动的微环境重塑网络,并检测出特征性3p loss,展示其临床分子病理诊断潜力。
空间转录组赋能的六大前沿应用方向
1. 肿瘤异质性与免疫微环境(TME)解析肿瘤是由多种细胞错综交织的复杂系统。空间转录组技术可清晰观察到免疫细胞(如T细胞、巨噬细胞)在肿瘤边界的浸润状态(“热肿瘤”vs“冷肿瘤”),阐明肿瘤细胞借助空间邻近效应对周边基质细胞的调控机制,为免疫治疗耐药机制研究及新靶点发现提供关键证据。
2. 神经科学与脑科学研究大脑是高度依赖空间结构的复杂器官。空间转录组可在保持组织结构完整的前提下,精细绘制不同脑区(如皮层分层、海马体、纹状体)的分子细胞图谱,追踪神经退行性疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病)中病变位点(如淀粉样蛋白斑块)周围细胞的异常基因表达,揭示脑功能的时空调控规律。
3. 发育生物学与器官发生图谱胚胎发育过程中,细胞空间位置决定其最终分化命运。该技术能以连续的时间纵轴和精准的空间横轴,追踪干细胞向各谱系分化的动态轨迹,系统解析器官发生过程中的分子调控网络,精准重现器官发育的时空演进过程。
4. 临床分子病理分型与精准医疗传统的H&E染色或IHC只能看到形态,空间转录组技术则引入了高通量分子分析维度。通过对大队列临床FFPE切片的高敏分析,可识别形态学无法辨别的隐匿性分子亚型,预测患者对特定化疗或靶向药的敏感度,推动精准诊疗的落地。
5. 疾病病理机制研究(如纤维化、炎症、缺血修复)在器官纤维化(如肺/肝纤维化)或缺血性损伤(如脑卒中、心梗)中,组织伴随局灶性修复或坏死。空间转录组能精准定位损伤核心区与边缘区的分子状态过度特征,挖掘关键的修复调控因子,为相关疾病的药物研发提供靶点与机制依据。
6. 前沿类器官与新型模型评价类器官作为体外疾病模型,其应用价值取决于空间结构与真实组织的相似性。CelAtlas技术可高灵敏评估类器官内部的空间分化结构与功能区划,并高效评估药物在空间微环境中的渗透性与响应机制。