项目简介

GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA的方法,可用于系统鉴定eRNA分子。该方法通过对细胞进行迅速冷冻,使细胞核内正在转录的复合体处于冻结状态,然后提取细胞核,加入Run on缓冲液,使其重新恢复RNA的转录。利用抗BrdU抗体提取带BrU标记的新生成RNA ,用于下一步高通量测序分析。

新生RNA的变化直接反映了转录调控的多种机理,通过GRO-seq技术,可以观测到基因组水平正在进行的转录,这是一种对所有参与RNA聚合酶位置、数量和定向的高分辨率虚拟图谱。

测序平台及模式: Illumina NextSeq CN500 测序平台 SE75测序模式

测序数据量:40M

应有与分析

应用范围
1、取代常规RNA-seq,精准检测实时转录状态的基因表达 2、精确定位基因的转录位置和转录方向 3、发现直接作用的靶标基因 4、发现新的转录本,包括非编码RNA 5、鉴定eRNAs分子
生物信息分析
1. 数据产出统计,对原始测序数据去接头、去低质量 reads、去污染; 2. 测序序列与参考基因组序列的比对,Reads在全转录组的分布; 3. Reads在转录起始位点(TSS)附近的meta分析; 4. 转录暂停基因分析 5. eRNA分析 6. 差异基因分析 7. 差异基因 GO 功能聚类分析及KEGG生物通路富集分析