新闻资讯
您现在的位置:首页 >> 新闻资讯
胞外囊泡长链RNA测序揭示人类血浆中 mRNA、circRNA和lncRNA组分特征及其临床应用
发布时间:2019-04-26 12:40:03

导语

细胞外囊泡(主要包括外泌体和微囊泡)是一种由活细胞分泌的纳米级别小囊泡,包裹着细胞来源的核酸和蛋白等活性分子,具有介导细胞间的通讯等作用,由于携带了反映来源细胞的特异性信息,是理想的生物标志物。越来越多的研究表明,细胞外囊泡可参与疾病的发生发展,作为疾病的诊断和治疗靶点,成为目前的研究热点。近日,来自复旦大学的黄胜林课题组等研究团队在《Clinical Chemistry》发表论文揭示了人血浆中细胞外囊泡长链RNA组分特征,并可作为癌症诊断的潜在生物标志物。

 


人类血浆细胞外囊泡长链RNA测序

血浆中的细胞外囊泡长链RNA数量众多,包括mRNAcircRNAlncRNA等,但表达水平较低,如何高效并稳定的检测是目前的主要问题。这项研究提出了血浆细胞外囊泡长链RNA测序(exLR-seq)的优化策略,并将这些RNA命名为exLRs,在来自1-2mL血浆的每个exLR-seq样品中可靠地检测到超过10000exLRs,包括mRNAcircRNAlncRNA。一个成功的exLR-seq跟规范的血浆采集、EV RNA抽提和文库构建密切相关。

人类血浆细胞外囊泡长链RNA测序(exLR-seq)


exLRs可判断性别、年龄和组织来源

对血浆exLRs的分析发现,血浆中存在着约20%完整的mRNA,这些RNA具有完整的结构,提示可能仍具备编码蛋白能力。与之前的报道一致,血浆中的细胞外囊泡环状RNA是富集的,数量很多,但样本间差异比较大。血浆exLRs还存在性别和年龄差异的靶点。重要的是,血浆exLRs包括了三分之一的组织特异性RNA,这些exLRs可反映它们的组织来源,这个发现为exLRs作为疾病诊断靶点提供关键的理论和实际基础。


exLRs可评估各种免疫细胞组分

 由于血浆细胞外囊泡来源于不同组织细胞,其中也包括各种免疫细胞组分,基于CIBERSORT工具,发现血浆exLRs可评估不同免疫细胞组分情况,而且肝癌病人和正常人存在部分免疫细胞差异。

 

exLRs可区分癌症病人和正常人

分析发现exLRs谱可以有效的区分癌症患者与健康个体。与健康对照组相比,癌症组总共有581个上调的exLRs1110个下调的exLRs,这些差异的exLRs功能富集到了癌症相关的通路。基于检测到的差异exLRs进行非监督层次聚类,聚类结果能将癌症患者和健康对照区分开。采用支持向量机(SVM)算法可有效地对癌症患者和健康个体进行分类。


exLRs诊断肝癌

进一步发现了8exLRs可作为肝细胞癌(HCC)诊断的生物标志物,在训练组、验证组和测试组都具有较高的诊断效能,并且能够区分其它肿瘤病人。该研究揭示了人血浆中丰富的细胞外囊泡长链RNAsexLRs),可作为癌症诊断的潜在标志物。由于exLRs数量众多,含有各种组织细胞特异靶点,对各种疾病的诊断、预后和疗效判断等也有潜在意义。细胞外囊泡中含有各种类型的RNA,以往的研究主要集中在微小RNAmicroRNA),目前对exLRs的研究才刚开始,随着exLRs检测方法的不断完善,后续将会有更多的exLRs靶点被发现。

通讯作者简介

本研究通讯作者为复旦大学附属肿瘤医院/生物医学研究院黄胜林研究员、何祥火研究员和复旦大学附属肿瘤医院王鹏副主任。黄胜林课题组长期从事RNA组学和细胞外囊泡(外泌体)相关研究,在外泌体方面,前期还发现了环状RNA在外泌体富集(Cell Res, 2015),并建立了exoRBase数据库(NAR, 2017)


原文:Li YZhao JYu S, et al. Extracellular Vesicles Long RNA Sequencing Reveals Abundant mRNA, circRNA, and lncRNA in Human Blood as Potential Biomarkers for Cancer Diagnosis. Clin Chem. 2019 Mar 26.


● 年度大盘点| 2018外泌体重量级研究一览,看这篇就够了

● 趣谈exo| 特洛伊-外泌体假说 The Trojan Exosomes Hypothesis

 
 上一篇:2019年第一季度CNS表观遗传文章盘点
 下一篇:xinwenzixun/285.html

关注我们

联系我们

邮箱:service@epibiotek.com
电话:020-89855770   400-775-0875
地址:广州市黄埔区揽月路3号国际企业孵化器A407

关于我们

       表观生物专注于医学表观遗传与转录调控研究领域,提供尖端的新一代测序技术服务和试剂盒开发,推动以表观遗传组学为基础的精准诊断与精准治疗的转化医学应用,造福人类健康。

版权所有:广州表观生物科技有限公司 粤ICP备16111092号