项目流程：
       ChIRP-seq流程包括ChIRP探针设计合成、lncRNA复合物交联、超声打断、探针杂交、DNA回收纯化、测序分析。

 
图1. ChRIP实验流程图

ChIRP-seq实验分组：
1、IP组：目标lncRNA/circRNA Odd组和Even组（即实验组，用于鉴定lncRNA/circRNA作用基因组位置）
2、lacZ组：外参对照组，证明ChIRP探针的特异性；
3、Input组：捕获前分离提取的基因组DNA，作为内参对照组，证明探针特异性；
4、Positive组：阳性对照组，通过已知验证有效的探针，通过WB检测已知结合蛋白质，证明整个ChIRP实验体系的有效性；
5、目标lncRNA/circRNA qPCR：证明ChIRP探针对目标lncRNA的正确结合及有效捕获。

样本要求：
细胞数量：细胞数量需要达到108个；提供活细胞或者提前做好交联处理的细胞样本。

生物信息分析：
1. 去接头污染，去低质量reads和测序质量评估
2. ChIRP测序序列与参考基因组序列的比对
3. ChIRP测序唯一reads在全基因组的分布
4. Odd探针组与Even探针组Common Peaks合并分析
5. Common Peaks鉴定及基因原件分析
6. Common Peaks相关基因筛选与GO功能聚类分析、Pathway分析
7. Common Peaks 可视化
8. Common Peaks Motif分析

实验周期：
60个工作日。

公司提供：
实验报告（材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果）。

其他注意事项：
1、目标lncRNA/circRNA的表达丰度：CT值最好在23以内（ACTB 16-17/GAPDH 18 ）；
2、如果目标lncRNA/circRNA表达丰度较低，需要进行过表达以确保ChIRP成功；
3、实验前需要确定目标lncRNA/circRNA定位于细胞核内发挥功能。