RNA甲基化检测
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RNA甲基化(m6A)免疫共沉淀高通量测序(meRIP-seq)
发布时间:2017-09-07 09:30:54 | 浏览次数:

        项目简介:

       RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine,m5C)等。     

       最新研究发现,m6A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题。

      利用甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序 (Methylated RNA Immunoprecipitation sequening,MeRIP-seq)技术,可以对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。


        项目流程:

        甲基化RNA免疫共沉淀 (Methylated RNA ImmunoprecipitationMeRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,高效获得结果。



        客户提供:
1、活细胞:培养细胞至6080%密度,然后加满培养基寄给公司;
2、物种信息(仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估)


        基本分析内容:

1、 原始数据处理及统计
2、过滤后数据质量QC 图
3、测序序列与参考基因组比对
4、基因组覆盖度分布
5、Peak Calling 分析
6、Peak 可视化
7、Peak 统计分析
8、m6A 的基本特征
    8.1 peak 在基因元件的分布
    8.2 reads 在基因元件的分布
    8.3 Peak 关联基因的特征

9、差异peak 分析

10、 motif分析


       高级分析内容:

环状RNA关联分析


       推荐阅读:RNA甲基化修饰(m6A)研究技术及方案设计


       参考文献:

1.Wang X, et al.N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.

2.Liu N, et al.N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4.

3.Yang Y, Fan X, Mao M, et al. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine[J]. Cell Research, 2017.



 
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