外泌体longRNA测序服务

项目简介
外泌体longRNA测序服务
外泌体为大小30 ~100 nm 的细胞外泌性囊泡,具有脂质双层膜结构。近年研究显示,外泌体是细胞与细胞间通讯的重要的分子,参与诸多生理与病理过程。外泌体不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小 RNA( microRNA,miRNA) 、长链非编码RNA和mRNA、环状RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些 RNA统称为外泌体来源 RNA,有望作为液体活检分子标志物,在精准医学发展上有着光明的前景。
表观生物采用Qiagen exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit提取exosomal RNA,该试剂盒来源于美国Exosome Diagnostics, Inc.公司的技术,能够在20分钟内快速纯化得到细胞外囊泡,并获得更为全面的RNA分子,适合用于检测外泌体中的环状RNA及其他长片段的线性RNA。 我们结合最新的高通量测序技术和生物信息分析方案,将为您提供最为全面的外泌体longRNA测序服务!
此外,表观生物自主开发基于机器学习算法的外泌体RNA疾病诊断和预后模型构建工具,结合临床大样本,充分发挥外泌体RNA测序数据整体优势,构建精准的外泌体RNA诊断标志物模型,为开发创新型诊断试剂盒奠定坚实的基础。
测序与分析
测序方案
1. 测序平台:Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000
2. 测序模式:PE150
3. 测序数据量: 6-8G
4. 适用物种:人
5. 样本类型:仅限人血清或血浆(推荐使用),每个样本2ml-4ml体积
6. 样本数建议:10 VS 10
分析内容
1. 去接头污染,去低质量reads和测序质量评估
2. 参考基因组比对
3. 全基因组reads分布图谱
4. 环状RNA预测
5. 环状RNA表达差异分析
6. mRNA表达差异分析
7. 差异基因KEGG、GO分析
8. 差异lncRNA分析

外泌体RNA疾病诊断/预后评估模型构建流程
1. 训练集和测试集来源于同一中心
2. 独立验证集需要来源于另一独立中心
3. 提供的样本数目要求最少
机器学习算法构建诊断模型服务

客户文章
Hum Reprod: 基于浆外泌体RNA的无精子症预测模型
该研究纳入96个非梗阻性无精子症患者精浆外泌体样本作为训练集和测试集,并对16个候选的lncRNA进行建模并验证,最终构建了9-lncRNA标志物组合,并展现了良好的预测效果(AUC=0.960)。
Yun Xie, Jiahui Yao, Xinzong Zhang,et al. A panel of extracellular vesicle long noncoding RNAs in seminal plasma for predicting testicular spermatozoa in nonobstructive azoospermia patients. Human Reproduction,2020.

Zaian Deng, Yong Wang , Liang Hu, et al. A facile, rapid, high-throughput extracellular vesicles analytical platform for cancer detection. Analytica Chimica Acta 1138 (2020) 132e140.
机器学习算法实测数据示例

图1. 选择模型的候选marker

图2. 选择模型的最优超参数

图3. ROC分析training数据集

图4. ROC分析testing数据集

参考案例
来自复旦大学的科研人员首次发现了exosomes内含有大量circRNA。
研究者从MHCC-LM3肝癌细胞以及此细胞来源的exosomes中分别提取总RNA(去除核糖体RNA),进行RNA-seq分析,发现exosomes中的circRNA比exosomes来源细胞中的circRNA丰富得多。
通过exosomal RNA测序方法,研究者发现人血清exosomes也含有大量完整稳定的circRNA,并且结直肠癌病人血清exosomes中的circRNA与正常人差异明显,肿瘤来源的exo-circRNA有望成为癌症检测的潜在生物标志物。
表观问答
什么是外泌体?
外泌体为大小30 ~100 nm 的细胞外泌性囊泡,具有脂质双层膜结构。近年研究显示,外泌体是细胞与细胞间通讯的重要的分子,参与诸多生理与病理过程。
通过exosomal RNA测序方法,研究者发现了什么?
研究者发现人血清exosomes也含有大量完整稳定的circRNA,并且结直肠癌病人血清exosomes中的circRNA与正常人差异明显,肿瘤来源的exo-circRNA有望成为癌症检测的潜在生物标志物。
参考文献
Li Y, et al,.Circular RNA is enriched and stable in exosomes: a promising biomarker for cancer diagnosis.Cell Res. 2015 Aug;25(8):981-4.